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R Alptraum: Yosemite, R, RStudio und Homebrew

Ich benutze ein MacBook Pro 13 "Retina (Ende 2013) mit OS X Yosemite 10.10.2. Ich würde es meinem schlimmsten Feind nicht wünschen. Nun, vielleicht.

Albtraum in chronologischer Reihenfolge:

  1. R und RStudio wurden von offiziellen Websites heruntergeladen.
  2. Lief beide Apps ein paar Mal, gut.
  3. Installiertes Homebrew. Ran "Braudoktor" in Terminal. Brüharzt sagte, die R-Dateien seien problematisch.
  4. RStudio fing an, komisch zu wirken.
  5. Herunterladen des ggplot2 R-Pakets über den CRAN-Spiegel. 5 GB der Daten verstopften die "private/var" -Datei. Einige Daten wurden dort gelöscht.
  6. Mac flippte aus. Kernel-Panik, bis ein Apple Store Genius den Mac gelöscht und OS X neu installiert hat.

Ich möchte R und RStudio weiterhin verwenden. Fragen:

  1. Wie gehe ich vor, ohne den Mac wieder in die Luft zu sprengen?
  2. Wie installiere ich R und RStudio über Homebrew?
  3. Muss ich zuerst XQuartz installieren?
  4. Was würde passieren, wenn ich R und RStudio ungebremst installiere?
  5. Welche Konflikte zwischen R, RStudio und Homebrew sollte ich erkennen?
  6. Häufige Macken, wenn Homebrew, R und RStudio installiert sind?
  7. Wie kann ich Homebrew, R und RStudio glücklich machen, ohne das Haus niederbrennen zu lassen?

Vielen Dank!

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Elan

Wie gehe ich vor, ohne den Mac wieder in die Luft zu sprengen?

Versuchen Sie nicht, Ihre Auslagerungsdatei zu löschen, während der Computer läuft! Wenn Sie anfangen, zufällige Systemdateien zu löschen, haben Sie einen schlechten Tag.

Wie installiere ich R und RStudio über Homebrew?

Sie können R mit brew install r installieren. Sie können ein binäres RStudio mit einem Homebrew-Fass wie brew install Caskroom/cask/rstudio installieren.

Muss ich zuerst XQuartz installieren?

Nein, das sollte nicht mehr nötig sein.

Was würde passieren, wenn ich R und RStudio ungebremst installiere?

Nichts Schlechtes; brew doctor meldet möglicherweise Ergebnisse, diese sind jedoch keine Fehler, und Sie sollten nicht davon ausgehen, dass es sich um Probleme handelt, obwohl sie für Betreuer wie mich hilfreich sind, wenn Sie Hilfe bei der späteren Diagnose von Buildfehlern suchen.

Welche Konflikte zwischen R, RStudio und Homebrew sollte ich erkennen?

Es gibt keine wichtigen Konflikte. Wenn Sie die Compiler von http://r.research.att.com/libs/ - installieren, die bei Verwendung eines gebrauten R nicht erforderlich sind, können Sie später Probleme mit der Installation von gcc (der gfortran bereitstellt) haben ) von Homebrew.

Häufige Macken, wenn Homebrew, R und RStudio installiert sind?

Ab August 2015 sind die folgenden Kommentare nicht mehr erforderlich. Pakete werden jetzt standardmäßig in/usr/local/lib/R / x.y / site-library installiert und sollten kleinere R-Upgrades überleben.

Wenn Sie ein gebrautes R verwenden und möchten, dass Ihre installierten Pakete kleinere R-Upgrades überstehen, können Sie mkdir -p ~/Library/R/3.2/library ausführen. Anschließend werden von R Pakete standardmäßig in diesem Pfad installiert (die Pakete werden in Ihrem Home-Verzeichnis und nicht im Keller gespeichert).

Wie kann ich Homebrew, R und RStudio glücklich machen, ohne das Haus niederbrennen zu lassen?

Siehe oben!

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Tim Smith

Im Rückblick auf dieses Problem, unter Berücksichtigung aller hilfreichen Kommentare und Antworten zum Herunterladen von R-Paketen auf einem Mac, auf dem R und Homebrew bereits installiert sind:

Führen Sie dies in der R-Konsole in der RStudio-Benutzeroberfläche aus, indem Sie einfach install.packages("name of the package") eingeben.

Seitdem ich R-Pakete direkt in RStudio heruntergeladen habe, hatte ich keine Probleme. Das System ist sehr glücklich.

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Elan